Անդրեյ Ամատունին ծնվել է 1928թ. հունվարի 10-ին Սանկտ Պետերբուրգում: 1950 թ. ավարտել է Մոսկվայի պետական համալսարանը: Եղել է Մոսկվայի Ստեկլովի անվան մաթեմատիկայի ինստիտուտի ասպիրանտ:1956թ. մոսկվայում պաշտպանել է թեկնածուական թեզ՝ նվիրված հակաֆեռոմագնիսականության քվանտային տեսությանը: 1956 թվականից եղել է Երևանի ֆիզիկայի ինստիտուտի ավագ գիտաշխատող, 1958 թվականից ընդգրկվել է Երևանի սինքրոտրոնի ֆիզիկական նախագիծը ստեղծող խմբում, որը ղեկավարում էր Ա. Ի. Ալիխանյանը: 1960-1964թթ. Ա. Ամատունին համահեղինակների հետ կատարել է անցումային ճառագայթմանը նվիրված մի շարք հիմնարար աշխատանքներ: 1965-ին նա ատացավ կարևոր արդյունքներ բարձր էներգիաներով մեզոնների ֆոտոծնման տեսության բնագավառում, զարգացրեց դաշտի քվանտային տեսության ոչ գծային հավասարումների լուծման ֆունկցիոնալ վերլուծության մեթոդը: Տարրական մասնիկների ֆիզիկայի բնագավառում կատարված այս աշխատանքները ընկան նրա դոկտորական ատենախոսության հիմքում, որն Ա. Ամատունին պաշտպանեց 1975 թվականին: Լինելով ֆիզիկայի ինստիտուտի փոխտնօրեն (1965-1973) և ապա տնօրեն (1973-1992)՝ կազմակերպել է Արագածի տիեզերական ճառագայթների հետազոտման կայանի տեխնիկական վերազինման ծրագրի մշակումն ու իրագործումը: Ա. Ամատունին ակտիվորեն մասնակցել է Նոր Ամբերդի միջազգային փորձարարական և տեսական ֆիզիկայի դպրոցի կազմակերպմանը, դպրոցում կարդացված զեկուցումների խմագրմանը և հրատարակմանը: 70-ական թվականների վերջերին Երևանի ֆիզիկայի ինստիտուտի և ԽՍՀՄ ԳԱ ֆիզիկայի ինստիտուտի գիտնականների հետ մասնակցել է 103 և 106 ՏԷՎ էներգիաների տիրույթում միջուկների և հադրոնների փոխազդեցությունների հետազոտման «ԱՆԻ» բարձրլեռնային կայանի եզակի սարքավորման նախագծման և կառուցման աշխատանքներին: 1990-ական թվականներից զբաղվել է լիցքավորված մասնիկների արագացման նոր մեթոդների հետազոտմամբ, միջուկային էներգետիկայով, նաև Հայկական ատոմակայանի շահագործման անվտանգության հարցերով: Ա. Ամատունին բազմիցս ներկայացրել է խորհրդային գիտությունը արտասահմանում: Նրա նախաձեռնությամբ 80-ական թվականների վերջին զարգացավ համագործակցությունը ԽՍՀՄ և արտասահմանյան առաջատար ինստիտուտների, մասնավորապես՝ Շվեյցարիայի, Գերմանիայի և ԱՄՆ-ի ֆիզիկական կենտրոնների հետ: Ա. Ամատունին «Տարրական մասնիկների և միջուկի ֆիզիկա» մասնագիտությամբ գիտական աստիճան շնորհող մասնագիտացված խորհրդի նախագահն էր, ԽՍՀՄ ԳԱ միջուկային ֆիզիկայի և էլեկտրամագնիսական փոխազդեցությունների խորհուրդների անդամ, «ՀՀ ԳԱ տեղեկագիր, ֆիզիկա» հանդեսի խմբագրական խորհրդի անդամ: Ակտիվ գիտական աշխատանքը Ա. Ամատունին հաջողությամբ համատեղել է բեղուն մանկավարժական գործունեության հետ: 1950 թվականից նա դասավանդել է Երևանի ռուսական մանկավարժական ինստիտուտում, 1952 թվականից՝ Երևանի պետական համալսարանի տեսական ֆիզիկայի նորաբաց ամբիոնում: Նրա ջանքերով ԵՊՀ ֆիզիկայի ֆակուլտետի միջուկային ֆիզիկայի ամբիոնը 1970 թվականից դարձավ Երևանի ֆիզիկայի ինստիտուտի բազային ամբիոն, որտեղ բարձրորակ կադրեր էին պատրաստվում «Արուս» էլեկտրոնային արագացուցչի և իստիտուտի տարբեր լաբորատորիաների համար: Շուրջ կեսդարյա մանկավարժական գործունեության ընթացքում Ա. Ամատունին պետական համալսարանի տեսական և միձուկային ֆիզիկայի ամբիոններում կարդացել է «Վիճակագրական ֆիզիկա», «Քվանտային մեխանիկա», «Տարրական մասնիկների ֆիզիկա», «Ուժեղ փոխազդեցություններ», «Հադրոնային ֆիզիկա», «Քվանտային քրոմոդինամիկայի տարրերը» և այլ ընդհանուր տեսական ու հատուկ դասընթացներ: Ա. Ամատունին տաղանդավոր մանկավարժ էր՝ օժտված բարդ ֆիզիկական հարցերը ուսանողներին մատչելի և հասկանելի ներկայացնելու եզակի շնորհով: Նա 1983թ. արժանացել է պրոֆեսորի կոչման, 1996-ին ընտրվել ՀՀ ԳԱԱ ակադեմիկոս: Պարգեևատրվել է Աշխատանքային կարմիր դրոշի, Հոկտեմբերյան հեղափոխության, Ռուսաստանի Դաշնության Բարեկամության շքանշաններով և մեդալներով, բազմաթիվ պատվոգրերով: Ա. Ամատունին մահացել է 1999 թվականի հոկտեմբերի 10-ին: